实践中，采购人、采购代理机构可以通过与评审专家、供应商及相关知情人员签订保密协议、保密承诺书，加强创新概念交流、研发竞争谈判、研发中期谈判、首购评审等关键采购环节的保密管理等措施，落实相关保密要求。
关于政府采购代理服务费的收费标准，目前政府采购法律制度并未作出规定，而是由采购人与采购代理机构自行协商确定合理价格。实践中，采购人、采购代理机构大多参考《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）确定代理服务费。实际上，为推进“放管服”改革，充分发挥市场在资源配置中的决定性作用，国家发展改革委2015年发布了《关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》（发改价格〔2015〕299号），决定全面放开招标代理费，由实行政府指导价管理改为实行市场调节价，价格由双方协商确定，关于招标代理收费的三个制度文件也已于2016年废止。综上，关于合作创新采购项目的采购代理费收取与结算，应由采购人与采购代理机构商定。合作创新采购项目周期长、环节多，对代理机构的专业要求较高，采购代理工作量也比常规项目大，采购人可以综合考虑这些因素，结合项目具体情况和委托内容，与采购代理机构协商确定合理价格。借此机会，也给广大采购人提个醒，“谁委托、谁负责”，事先与代理机构协商确定采购代理费收取方式和标准并在委托协议中约定，这是采购人应尽的主体责任之一。一些中小企业反映过“中标服务费”过高问题，比如预算300多万元的采购项目“中标服务费”达17.6万元之多。在这次财政部等三部委统一部署的政府采购领域“四类违法”行为专项整治中，还发现有代理机构向中标、成交供应商转嫁专家评审费、开标公证费、鉴证费等现象。这些费用看似都是“小钱”，但严重影响了供应商对政府采购营商环境的体验和评价。