采购人应当在资格审查阶段首先否决B的投标；如果有进一步的证据证明B与A串通投标，评标委员会应当一并否决A的投标。
根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）第四十四条规定，“公开招标采购项目开标结束后，采购人或者采购代理机构应当依法对投标人的资格进行审查。”B的投标文件提交了A的资格文件，无论是何原因，肯定不能满足招标文件对投标人资格审查的实质性要求，采购人应当首先在资格审查阶段否决B的投标。至于如何处理A的投标，取决于是否有证据证明B与A存在串通投标行为。如是，评标委员会应当在评标阶段以串通投标为由同时否决A和B的投标；否则应当对A的投标进行正常评审。需要特别注意的是，虽然B投标人提交了A公司的资格文件，但A投标人并不存在混装其他投标人资格文件的事实。因此，评标委员会无法根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第三十七条列举的串通投标情形直接认定A和B存在串通投标行为。但是如果有进一步的证据证明B与A存在该条列举的串通投标行为，例如B与A委托同一人办理投标事宜等情形，则评标委员会应当根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第三十六条“投标人应当遵循公平竞争的原则，不得恶意串通，不得妨碍其他投标人的竞争行为，不得损害采购人或者其他投标人的合法权益。在评标过程中发现投标人有上述情形的，评标委员会应当认定其投标无效，并书面报告本级财政部门。”同时否决B与A的投标。如果没有充分证据证明A与B存在串通投标行为，则应当正常评审A的投标。