首先，两者在各自采购领域的法律层级相同。94号令为财政部令于2017年颁布，在法律体系的效力层级中属于法律体系中的部门规章制度。中央军委装备发展部于2017年在全国范围遴选地方采购代理机构入库，委托代理机构为军队执行装备采购活动，通过三年军队装备采购活动的开展与探讨，于2021年3月同时颁布了六部关于军队装备采购的“十四五”规定公开版，其中52号令为中央军委装备发展部颁布规定之一，同样属于军队法律体系的部门规章制度。两部规章就供应商救济的有关工作进行了详细安排，规定了救济的主体、内容及时限等，进一步提升采购活动透明度，对采购活动中供应商的救济维权起到指导作用。
其次，供应商的救济途径与程序相同。两部规章制度规定的基本程序都应当按照质疑、投诉、复议的顺序开展，未经质疑不得进行投诉，质疑是投诉的前置条件。关于质疑的提出，均明确为供应商认为采购文件、采购过程和采购结果的有关事项使自己权益受到损害，应当在知道或者应知其权益受到损害之日起7个工作日内，以书面形式向质疑受理部门一次性提出质疑，质疑受理部门为采购单位或采购代理机构。质疑供应商对答复不满意，或未在规定时间内答复的，在答复期满后15个工作日内可以书面提起投诉，投诉受理部门应当自收到投诉之日起30个工作日内，对投诉事项作出处理决定。
再其次，对供应商提出质疑、投诉的要求相同。两者都要求供应商质疑、投诉应当提交书面质疑函（投诉书）和必要的证明材料，质疑资料（投诉书）需要有法定代表人或授权代表签字并加盖公章，主要内容两者要求基本一致。
最后，救济机制程序中体现透明性原则相同。两部规章对质疑、投诉、复议等的提交时间、受理的部门、答复的时间等作出了明确的、公开的规定，充分保证参与者的知情权和其可以行使的权利。
同时先后出台的两部规章的救济机制均尚未实现与《政府采购协议》（GPA）的全面接轨，尚未借鉴GPA体制中救济机制的相关规定，从制度上建立、健全及规范行政裁决机构设立及对接诉讼的处理原则。
首先，质疑、投诉的对象要求不完全一样。政府采购与军队装备采购都可以对采购文件、采购过程和采购结果三个程序环节因供应商权益受到损害而提出质疑。但政府采购规定，未参与采购活动的潜在供应商已依法获取采购文件的，可以对该文件提出质疑，但是不可对采购过程与采购结果进行质疑。而军队装备采购的质疑方规定必须是参与装备采购活动的供应商可以对采购文件、采购过程和采购结果进行质疑，两者对采购文件的质疑对象规定不尽相同。同时装备采购明确规定了供应商可以进行质疑的八种情形，并实行实名制管理，装备采购询问、质疑和投诉实行实名制。
属于以联合体形式参与采购活动的。关于提出质疑的对象，政府采购未明确规定应该由联合体共同提出还是联合体中的一方或者牵头方可以提出质疑，装备采购明确规定不是联合体指定牵头方的质疑不予受理。关于投诉提出对象，政府采购明确规定以联合体形式参加政府采购活动的，其投诉应当由组成联合体的所有供应商共同提出，装备采购明确规定对于联合体形式参与采购活动的，应当审查其是否为联合体指定的牵头方。
其次，质疑受理、处理与回复质疑的方式、时限不一样。质疑受理的形式。装备采购对于供应商的质疑，明确规定受理部门应当当面接收质疑书，并在2个工作日内完成质疑书的形式审核，对于受理或者不予受理两种情况分别作出相应处理，并就受理与否两种情况的质疑受理时间起算时间进行了明确的规定。政府采购要求质疑受理部门不得拒收质疑供应商在法定质疑期内发出的质疑函，对接收质疑书的形式未做明确规定，包括不限于当面接收、邮寄等形式，也未就质疑书的形式审查作出相应规定。
质疑处理的方式。政府采购规定供应商对采购过程、采购结果提出质疑的，质疑受理部门可以组织原评标委员会、竞争性谈判小组等协助答复质疑。装备采购规定对质疑事项的处理除了邀请专家论证并出具意见外，还可组织质疑方、被质疑方、与质疑事项相关的供应商单独或共同进行质询、质证。
质疑回复的时限。政府采购要求应当在收到质疑函后7个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他相关供应商，专家协助处理质疑的时间计算在质疑处理期限内。装备采购要求质疑受理部门应当自质疑受理之日起10个工作日内作出书面答复，其中，处理质疑事项所必须的检测、检验、鉴定，向相关部门或第三方调查取证，专家评审，以及相关供应商提交或补充材料的时间不计算在质疑处理期限内，质疑受理部门应当将相关工作所需时间告知质疑人。
再其次，处理投诉、复议的部门、形式审查的时限不一样。投诉的受理方式，受理、处理部门与时限。政府采购的投诉受理、处理部门为采购人的同级财政部门，同级财政部门收到投诉书后，应当在5个工作日内进行形式审查，审查后按是否受理的情况分别作出处理。军队装备采购单位负责本系统装备采购质疑和投诉处理工作，投诉受理部门应当当面接收投诉书后，在2个工作日内完成形式审查工作。
复议的时限与规定。政府采购要求如不服投诉处理决定，投诉人可在收到投诉决定书之日起60天内向同级人民政府或上一级财政部门申请行政复议，或者在收到投诉决定书之日起6个月内向有管辖权的法院提起行政诉讼。装备采购由中央军委装备发展部负责投诉复议的处理工作，投诉人可以在投诉处理期满后15个工作日内，向投诉复议受理部门提出复议申请。
最后，投诉的处理结果不一样。投诉受理部门对投诉事项经查证属实，认定投诉成立，影响或者可能影响采购结果的，处理结果存在差异。（一）未确定中标（成交）供应商的，装备采购可以重新组织也可以按照有关规定改正继续开展采购活动，政府采购明确责令重新开展采购活动。（二）已确定中标（成交）供应商尚未签订采购合同的，装备采购可以按照规定顺次确定中标（成交）供应商或者重新组织采购，政府采购规定合格供应商符合法定数量时，应当要求依法顺次确定中标（成交）供应商，只有合格供应商不符合法定数量时，责令重新组织采购活动。（三）已签订采购合同尚未履行的，撤销合同，装备采购可以按照规定顺次确定中标（成交）供应商或者重新组织采购，政府采购规定合格供应商符合法定数量时，应当要求依法顺次确定中标（成交）供应商，只有合格供应商不符合法定数量时，责令重新组织采购活动。（四）装备采购增加规定采购合同已签订但主要事项尚未履行完毕的，可以变更、终止或者解除合同，造成的损失由责任单位承担。
法律责任。政府采购对救济途径中各采购当事人视违法情节的严重程度与违法的适用情形分别给予责令限期改正、警告的行政处罚、列入不良行为记录禁止参加政府采购活动及移送司法机关处理进行了细化的法律责任规定。装备采购对违法情形仅作出原则性的的规定。
总体而言，随着两部规章制度的先后出台，针对采购活动实践中存在的救济执行与决策机制不明确的问题，两个部门对于救济机制进行了完善和创新，将目前实践中比较成熟的制度政策进行整理归纳，规定都相对细化，做到有法可依、时效明确、程序规范，从机制上保护了参与采购活动的各方的合法权益。